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单个科技小院分为农业产业类和综合类。农业产业类科技小院聚焦区域内的主导农业产业，推广普及先进农业技术，以涉农专业为主，研究农业生产或全产业链过程中的实际生产问题。综合类科技小院聚焦当地产业振兴、人才振兴、文化振兴、生态振兴、组织振兴等方面，鼓励多门类多类别多学科共建，合作研究解决乡村振兴过程中“三农”问题。
即：每个科技小院须有1位以上学术水平高、实践能力强、与当地有一定合作基础的专业学位导师担任首席专家，且组建的小院专家团队不少于2位。每个科技小院派驻研究生不少于3人，其中常驻小院学生不少于2人(每年入驻时间不少于120天，完成100篇日志)。每个科技小院须有一个依托合作单位，如龙头企业、科研院所、协会、合作社、园区等。依托合作单位提供科技小院师生的基本食宿条件和安全保障。
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